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REFUS DE CONGÉ DE LONGUE MALADIE : QUELLE MOTIVATION DOIT FOURNIR L’ADMINISTRATION ?

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REFUS DE CONGÉ DE LONGUE MALADIE : QUELLE MOTIVATION DOIT FOURNIR L’ADMINISTRATION ?
Un refus de congé de longue maladie doit exposer ses motifs. À défaut, l’agent peut saisir le juge des référés et obtenir un réexamen rapide.

Tribunal administratif de Paris, juge des référés, 13 mai 2026, n° 2613338

 

Pourquoi un refus de congé de longue maladie doit-il être précisément motivé ?

Le congé de longue maladie, ou CLM, est accordé au fonctionnaire lorsque sa maladie le met dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, rend nécessaires un traitement et des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. L’article L. 822-6 du code général de la fonction publique en fait un droit lorsque ces conditions sont réunies.

Dans l’affaire jugée, une agente de l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris avait demandé, le 12 décembre 2024, son placement en CLM en raison d’une nouvelle pathologie. Par un arrêté du 23 janvier 2026, l’administration avait prolongé son congé de longue durée jusqu’au 2 mars 2027, avec maintien d’un demi-traitement. Cet arrêté revenait, en pratique, à refuser le CLM demandé.

Le refus d’un avantage dont l’attribution constitue un droit pour les personnes qui remplissent les conditions légales doit être motivé, conformément au 6° de l’article L. 211-2 du code des relations entre le public et l’administration. La motivation doit permettre à l’agent de comprendre les considérations de droit et de fait qui ont réellement déterminé la décision.

Or, ni l’arrêté ni l’avis du conseil médical mentionné par l’administration ne comportaient d’éléments factuels expliquant pourquoi les conditions du CLM n’étaient pas remplies. La seule prolongation d’un autre congé ne permettait pas à l’agente de connaître les raisons du refus.

Le juge des référés a estimé que cette absence de motivation était propre à créer un doute sérieux sur la légalité de la décision.

L’urgence était également caractérisée. Le placement à demi-traitement avait ramené la rémunération nette de l’agente à 660,13 euros, alors que le CLM sollicité aurait entraîné le versement d’un plein traitement dans les conditions applicables. Le juge a tenu compte de ses charges, de sa situation de surendettement et de la nécessité de poursuivre ses soins.

Il a donc suspendu l’arrêté en tant qu’il refusait le CLM et ordonné à l’AP-HP de réexaminer la demande dans un délai de quinze jours, après nouvelle saisine du conseil médical si nécessaire.

Cette ordonnance reste une décision provisoire. Elle ne reconnaît pas définitivement le droit de l’agente au CLM : le tribunal devra encore statuer sur la requête au fond.

 

Comment préparer la demande, la notification et un éventuel référé-suspension ?

L’agent doit constituer un dossier qui permette d’identifier sans ambiguïté le congé sollicité et les conditions médicales invoquées. Il convient notamment de conserver :

  • la demande datée de CLM ;
  • le certificat du médecin traitant prévu par les textes ;
  • l’accusé de réception de la demande ;
  • les convocations et avis du conseil médical ;
  • la décision administrative complète ;
  • l’enveloppe, l’accusé de réception ou le courriel de notification ;
  • les bulletins de rémunération avant et après la décision ;
  • les justificatifs des charges et difficultés financières.

L’administration doit, de son côté, distinguer clairement la décision relative au CLM des mesures concernant un congé de longue durée, un congé de maladie ordinaire ou une disponibilité. Elle doit exposer les éléments propres au dossier qui justifient le refus, sans révéler inutilement des données médicales couvertes par le secret.

La preuve de la notification est décisive pour calculer le délai de recours. Dans cette affaire, un courriel du 23 janvier 2026 indiquait qu’un arrêté était joint. Toutefois, l’administration n’a pas démontré que la pièce jointe contenait bien la décision complète avec les voies et délais de recours. Le juge a donc retenu comme point de départ la date du 9 mars 2026, à laquelle l’agente avait retourné la décision signée avec la mention de sa réception.

Une simple capture d’écran d’un courriel ou la mention du nom d’une pièce jointe peut ainsi être insuffisante. L’employeur public doit conserver la décision effectivement transmise et une preuve fiable de sa réception.

Si la décision produit des effets graves et immédiats, l’agent peut déposer un recours au fond et, parallèlement, un référé-suspension sur le fondement de l’article L. 521-1 du code de justice administrative. Il doit alors démontrer :

  • l’urgence à suspendre la décision ;
  • l’existence d’un moyen propre à créer un doute sérieux sur sa légalité.

La perte importante de rémunération doit être chiffrée. La motivation insuffisante doit être expliquée en comparant la demande, l’avis médical et la décision. Le recours doit être engagé rapidement, sans attendre que la situation financière ou médicale se dégrade.

Pour sécuriser une décision de refus, l’employeur public doit enfin vérifier la compétence du signataire, la procédure suivie devant le conseil médical, les textes applicables, la motivation individualisée, les voies et délais de recours et la preuve de notification.

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